Kinh đô của Syria lúc bấy giờ là Antiochia cũng được đặt theo tên của Antiochos, thân sinh của người sáng lập thành phố, vua Seleukos I Nikator (trị vì 305–281 TCN).[1] Cái tên này sau đó được nhiều vị vua nhà Seleukos sử dụng.[2][3] Tên gọi trong tiếng Hy Lạp của Antiochos – Ἀντίοχος – được cấu tạo từ hai thành phần là ἀντί (antí), có nghĩa "đối lập", "trái với" hay "thay vì"[4] và ἔχω (ékhō), nghĩa là "sở hữu", "của chính mình" hay "nắm", "giữ"[5] và hậu tố -ος. Do mỗi từ đều có nhiều ý nghĩa khác nhau, các tài liệu khác nhau đều không thống nhất về ý nghĩa của cái tên này. Nếu dùng các nghĩa phổ biến nhất của mỗi từ trên mà dịch ra, thì Ἀντίοχος có nghĩa là "người chống đối việc sở hữu thứ gì đó".[6] Nhà ngôn ngữ học người Anh Alan S. C. Ross (en) thì cho rằng Antiochos có nghĩa là "luận điệu kiên quyết" (resolute in contention). Trong khi đó, [7] Thành viên của Hội Địa lý Hoàng gia Anh, John Everett-Heath (en), khi giải thích về tên gọi của thành phố Antiochia có giải thích rằng tên gọi Antiochos có nghĩa là "Người chạy nhanh", khi cho rằng οχος còn có nghĩa khác là "xe ngựa".[8]

Vào khoảng năm 124 TCN, Antiochos VIII kết hôn với công chúa của vương triều Ptolemaios Ai Cập, Tryphaena, người về sau đã qua đời năm 109 TCN.[9][10] Hai vợ chồng đã có với nhau nhiều con, trong đó Seleukos VI là con cả, tiếp đến là cặp song sinh Antiochos XI và Philippos I,[11] rồi Demetrios III và cuối cùng trẻ nhất là Antiochos XII.[12] Tryphaena được nhà sử học thế kỷ IV Eusebius chỉ đích danh là mẹ của Philippos I nhưng không ghi rõ liệu bà có phải là mẹ của Antiochos XI hay không. Tuy nhiên, Eusebius cũng đề cập rằng Antiochos XI và Philippos I là hai anh em sinh đôi ("didymoi"),[13] vì thế ta có thể khẳng định Antiochos XI chính là con của Tryphaena. Không rõ Antiochos XI sinh ra vào tháng nào năm nào, nhưng vào thời điểm lên nắm quyền thì ông đã ít nhất ở tuổi đôi mươi.[14]

Vào năm 113 TCN, Antiochos IX tự lập mình làm vua và khởi binh chống lại người anh em cùng cha khác mẹ Antiochos VIII. Cuộc xung đột giữa hai người anh em kéo dài một thập kỷ rưỡi[15] và nó đã cướp đi sinh mạng của Tryphaena. Cuộc nội chiến chỉ kết thúc bằng vụ ám sát Antiochos VIII dưới tay của một viên quan dưới trướng mình tên là Herakleon xứ Beroia vào năm 96 TCN.[16] Sau khi Antiochos VIII chết, Antiochos IX tấn công chiếm kinh đô Antiochia và lấy thứ phi của Antiochos VIII là Cleopatra Selene làm vợ mình.[16] Những người con của Antiochos VIII không chịu bỏ qua cho cái chết của cha mình và bắt đầu tuyên bố ly khai. Demetrios III chiếm được thành Damascus và tự lập làm vua ở đó.[17] Con trưởng Seleukos VI lúc đấy đang nắm binh quyền ở phía tây Cilicia, đã đưa quân tấn công kinh thành, giết chết Antiochos IX và chiếm được Antiochia vào năm 95 TCN.[18] Tuy nhiên, Seleukos VI cũng không ngồi yên được lâu thì bị con trai của Antiochos IX là Antiochos X (cai trị 95–92/88 TCN) đánh bại và phải bỏ thành mà chạy.[19] Seleukos VI phải tẩu thoát đến Mopsuestia ở Cilicia nhưng không may bị phiến quân tại đây giết chết vào năm 94 TCN.[20]